Echo Liquid Handling for
シングルセルからの低容量シークエンシングライブラリー
Echo Liquid Handlers は全ゲノムライブラリー調製とシングルセルからのトランスクリプトーム解析をミニチュア化します。高精度で、正確、非接触の分注により、Echo システムはmultiple displacement amplification (MDA) と RNA-Seq 反応を 75% 以上削減できます。RNA または DNA の次世代シークエンシング (NGS) 用ライブラリーは 10 µL 以下に低減できます。
シングルセルゲノミクスは、生物の一生を通して起こる遺伝的およびエピジェネティック変化を理解するために必須です。例えば、がん研究プログラムでは、異種の腫瘍サンプルから派生したデータの課題を克服するために、集団内の個別セルタイプとまれなセルイベントを調べるシングルセルゲノミクスが重要です。
シングルセルからのDNAの増幅は、コンタミネーションの影響をもろに受けてしまいます。 サンプルまたは試薬を移送するために使用されるチップまたはノズルからの外因性DNAは、分注前のUV照射ステップでも分解することができません。 Echo Liquid Handlerの非接触音響分注は、DNAとの接触を完全に回避してコンタミネーションのリスクを大幅に低減します。 さらに、ナノリットルレベルでの低容量での高精度で正確な分注は、実験の繰り返しを排除し、さらなる試薬経費削減につながります。
Echo Liquid Handler の低容量音響トランスファー能力を RNA または DNA シークエンシング用のライブラリー調製キットと組み合わせることにより、研究者はキットあたりのライブラリー作製数を劇的に増加させることができます。分注容量を 75% 以上削減し、反復希釈なしでシークエンシング用ライブラリーをプールすることにより、Echo システムは、シングルセルから調製したライブラリーをミニチュア化して品質を改善できます。
特集出版物
December 2014
Amyris Inc., *TOTAL New Energies USA, Inc.
近年、次世代シークエンシング (NGS) 技術が全ゲノムシークエンシング費用を多大に削減したものの、サンガー法によるシークエンシングを介したシークエンス検証費用は高いままです。その結果、業界規模では、研究者はデザイン数を限定するか、品質管理を短縮することに努力しています。本論文では、4000 プラスミドを一回の Illumina MiSeq ランで、各々の経費が $3 未満（15× カバレッジ）で完全にシークエンスできることを明らかにしています。これはサンガー法シークエンシング（2× カバレッジ）の 20-倍の削減です。我々は、Nextera tagmentation 反応の容量を 100-倍減少させ、シークエンシング用に何千ものサンプルを調整する自動化ワークフローを開発しました。また、サンプルと関連シークエンスデータをトラッキングし、欠損を最小限にしながら正しくコンストラクトが組み立てられていることを速やかに識別できるソフトウェアを開発しました。DNA 合成とアッセンブリーは中心的な商品になっているため、この NGS 品質管理（QC）プロセスは、 DNA 構築のハイスループット・パイプラインを作動しているグループには必須なものとなっています。
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