Echo Liquid Handling for
低費用、効率の高いライブラリー調製
Echo Liquid Handlers はサンガー法、16S、次世代シークエンシング (NGS) を含む広範囲のシークエンシング向けの低マイクロリットル容量でのライブラリー調製を実現します – 試薬費用を劇的に削減し、サンプルを節約し、ステップ数を削減します — これらすべてがライブラリーの品質とスループットを改善します。
Sangerシーケンシングでは、BigDyeの試薬コストが制限要因になります。 Echo Liquid Handlerを使用することで、1回の反応あたり4倍のコスト削減が可能で、シーケンシング量を10μLから2.5μLに減らすことができます。
16S rRNAシークエンシングは、長い間、マイクロバイオーム研究のための最良な方法でした。Echo Liquid Handler を使用することで、ミニチュア化した16S rRNAシークエンシングが可能になり、NGS試薬のコスト削減だけでなく、ミニチュア化したショットガンシーケンシング法に移行することができます。
NGS ライブラリー調製に Echo Liquid Handler を使うことで、従来の液体分注と比較して反応容量が最高 100倍減少し、劇的に研究試薬費用を削減できます。
| 手動ピペッティング | Echo Liquid Handler | |
|---|---|---|
| の量 | 50 ng | 0.06 – 2.0 ng |
| DNA 容量 (Rxn) | 25 µL | 200 nL |
| ライブラリー調整容量 (Rxn) | 25 µL | 300 nL |
| 総容量 | 50 µL | 0.5 µL |
| キット当たりの反応 | 96 | 9600 |
| 反応あたりの費用 | $72.91 | $0.73 |
NGS シークエンシング・プログラムを大規模化する際に、ライブラリー調製費用が制限要因になります。Echo Liquid Handler の低容量音響トランスファー能力により、研究者は、現状の予算を維持しながら作製できるライブラリーを有意に増加させることができます。
Echo 525を使用することで、プロトコルのわずかな変更で50〜100倍のスケールダウンが達成でき、データ品質を犠牲にすることなく大幅なコスト削減が実現できます。 さらに我々は、分子生物学研究における再現性とコンタミネーション防止に関して、非接触の液体分注の優位性を実証しています。
Stephan Lorenz| Wellcome Trust Sanger Institute, UK
Echo Liquid Handlers はマイクロプレートのどのウェルからでも、素早くオリゴや DNA ライブラリーをプールしノーマライズすることができます。Echo Liquid Handlersのウェル当たりの平均分注時間は数秒以下で、従来の液体分注装置と比較してプール時間を 80% 以上削減できます。Echo525 システムは、わずか 25 ナノリットルを分注できますので、高濃度のライブラリーを事前希釈する必要がありません。この能力によりプールしながら同時にノーマライゼーションを実施することができます。さらに、チップベースのサンプル分注を避けることにより、チップに付着するサンプルから引き起こされるエラーの伝播を取り除きます。これらによりプールした全ライブラリーの濃度の正確性を劇的に改善します。
TECH NOTE特集
2017
Labcyte, Inc.
シークエンシングの費用は過去 10年間で大幅な減少を続けており、研究者はトランスクリプトミクスについてのより深く複雑な課題に取り組むことができます。その結果、RNA シークエンシング実験の、多様性、量、需要の全てが増加した。Clontech SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA キットは SMART（RNA テンプレートの 5’ 末端でのスイッチング機序）技術を取り込んでいます。この技術は LD PCR を使って増幅する前に、ファーストストランド cDNA の 5’ と 3’ の両末端に PCR アダプターを直接添加するために、逆転写酵素のテンプレートスイッチング活性を使用します。ここでは、Echo 525 Liquid Handler を使ったプロセスのミニチュア化が、現在の RNA シークエンシングに必要なスループットに対して、効果的に試薬経費とワークフローの処理時間を削減できるという情報と結果を提供しています。
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IGENOMIX Carrier Genetic Test は、次世代シークエンシング (NGS)技術 による 600 種類のメンデル遺伝病関連遺伝子解析で成り立っています。CGT の目的は、子作りを希望するカップル両者のキャリヤー状態を検出することによって、子供が遺伝的疾患を有する遺伝的リスクを予測することです。自然の方法で、または生殖補助治療で妊娠を試みる前に、また精子や卵子のドナーによる治療前にも CGT を適用することができます。
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