Echo Liquid Handling für
Low-Volume-Sequenzierungsbibliotheken aus Einzelzellen
Echo Liquid Handler miniaturisieren die Bibliothekerstellung für die Gesamtgenom- und Transkriptomanalyse von Genmaterial aus Einzelzellen. Dank des präzisen, genauen und kontaktlosen Transfers können Echo-Systeme die Mehrfachverdrängungs-Amplifikation (MDA) und RNA-Sequenzierungsreaktionen um mindestens 75% reduzieren. Bibliotheken für die Next-Generation-Sequenzierung (NGS) von RNA oder DNA können auf 10µL oder weniger reduziert werden.
Die Einzelzell-Genomik ist für das Verständnis genetischer und epigenetischer Variationen, die während des gesamten Lebens eines Organismus auftreten, unerlässlich. Beispielsweise setzen Krebsforschungsprogramme auf die Einzelzell-Genomik, um die Herausforderungen mit Daten aus heterogenen Tumorproben zu meistern, indem sie einzelne Zelltypen innerhalb einer Population und seltene Zellereignisse untersuchen.
Die Amplifikation von DNA aus einer Einzelzelle ist von Natur aus anfällig für Kontaminationen. Exogene DNA aus Spitzen oder Düsen, die beim Transfer von Proben oder Reagenzien in eine PCR-Reaktion verwendet werden, kann nicht einmal mit UV-Bestrahlung vor dem Transfer aufgelöst werden. Durch den kontaktlosen akustischen Transfer mit dem Echo Liquid Handler wird der Kontakt mit der DNA vermieden und damit das Risiko der Kreuzkontamination drastisch verringert. Die Präzision und Genauigkeit des Transfers bei niedrigen Nanolitervolumina macht wiederholte Experimente überflüssig, wodurch die Reagenzienkosten weiter gesenkt werden.
Durch die Nutzung der akustischen Transfermöglichkeiten in Verbindung mit den Bibliothekerstellungskits für die RNA- oder DNA-Sequenzierung können Forscher die Anzahl der pro Kit generierten Bibliotheken drastisch erhöhen. Durch die Reduzierung des Transfervolumens um mindestens 75% und die Bündelung von Bibliotheken für die Sequenzierung ohne iterative Verdünnungen können Echo-Systeme die Bibliotheken, die aus Einzelzellen hergestellt werden, miniaturisieren und qualitativ verbessern.
BEITRAGSVERÖFFENTLICHUNG
Dec-14
Amyris Inc., *TOTAL New Energies USA, Inc.
In den letzten Jahren hat die Next-Generation-Sequenzierungstechnologie (NGS) die Kosten für die Sequenzierung von Ganzgenomen stark reduziert, während die Kosten für die Sequenzierung von Plasmiden mittels der Sanger-Sequenzierung hoch geblieben sind. Folglich begrenzen die industriellen Ingenieure entweder die Anzahl der Designs oder gehen bei der Qualitätskontrolle Kompromisse ein. Hier zeigen wir, dass über 4000 Plasmide in einem Illumina MiSeq-Durchlauf für jeweils weniger als $3 (15-fache Abdeckung) vollständig sequenziert werden können, was eine 20-fache Reduzierung gegenüber der Sanger-Sequenzierung (2-fache Abdeckung) bedeutet. Wir haben das Volumen der Nextera-Tagmentierungsreaktion um das 100-fache reduziert und einen automatisierten Workflow entwickelt, um Tausende von Proben für die Sequenzierung vorzubereiten. Wir haben auch eine Software entwickelt, um die Proben und die dazugehörigen Sequenzdaten zu verfolgen und korrekt zusammengesetzte Konstrukte mit den wenigsten Fehlern schnell zu identifizieren. Da die DNA-Synthese und -Assemblierung sich zu einer zentralen Handelsware entwickelt haben, wird dieser NGS-Qualitätskontrollprozess (QC) für Gruppen, die High-Throughput-Pipelines für die DNA-Konstruktion betreiben, unerlässlich sein.
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