Echo Liquid Handling for
Kostengünstige, hocheffiziente Erstellung von Bibliotheken
Echo Liquid Handler ermöglichen die Erstellung von Bibliotheken mit kleinsten Mikrolitervolumen für eine Vielzahl an Sequenzierungsverfahren, einschließlich der Sequenzierung nach Sanger, 16S und Next-Generation-Sequenzierung (NGS). Dadurch werden Reagenzkosten entscheidend gesenkt, Proben gespart und Workflowschritte eliminiert – das alles bei gleichzeitiger Verbesserung der Bibliotheksqualität und des Durchsatzes.
Bei der Sequenzierung nach Sanger sind die Kosten des BigDye-Reagenz ein einschränkender Faktor. Durch den Einsatz des Echo Liquid Handlers können die Sequenzierungsvolumina von 10 µL auf 2,5µL reduziert und damit pro Reaktion 4-fache Kosteneinsparungen erzielt werden.
Die 16S rRNA-Sequenzierung ist seit langem das bevorzugte Verfahren von Mikrobiomforschern. Mit dem Echo Liquid Handler kann nicht nur die 16S rRNA-Sequenzierung miniaturisiert werden, sondern die Kostensenkung des NGS-Reagenz ermöglicht es Wissenschaftlern außerdem, auf die miniaturisierte Shotgun-Sequenzierung umzusteigen.
Verglichen mit herkömmlichen Liquid Handler-Systemen kann mit dem Echo Liquid Handler bei der NGS-Bibliothekerstellung das Reaktionsvolumen um das 100-fache reduziert werden, wodurch gravierende Kosteneinsparungen bei Reagenzien erzielt werden.
| Manuelle Pipettierung | Echo Liquid Handler | |
|---|---|---|
| DNA-Menge | 50 ng | 0,06 – 2,0 ng |
| DNA-Volumen (Rxn) | 25 µL | 200 nL |
| Bibliothekerstellungsvolumen (Rxn) | 25 µL | 300 nL |
| Gesamtvolumen | 50 µL | 0,5 µL |
| Reaktionen pro Satz | 96 | 9600 |
| Kosten pro Reaktion | $72.91 | $0.73 |
Bei der Skalierung von NGS-Sequenzierungsprogrammen sind die Kosten der Bibliothekerstellung ein einschränkender Faktor. Dank der akustischen Low-Volume-Transferfähigkeiten des Echo Liquid Handler können Forscher die Anzahl der generierten Bibliotheken unter Einhaltung der aktuellen Budgets entscheidend erhöhen.
„Mit dem Einsatz des Echo 525 kann eine 50- bis 100-fache Abwärtsskalierung mit geringfügigen Modifikationen erzielt werden. Dadurch können ohne Abstriche bei der Datenqualität signifikante Kosten eingespart werden. Darüber hinaus stellen wir damit die Überlegenheit von kontaktfreien Flüssigkeitstransfers im Hinblick auf Reproduzierbarkeit und Kontaminationsprävention unter Beweis.“
Stephan Lorenz| Wellcome Trust Sanger Institute, UK
Echo Liquid Handler können Oligos oder DNA-Bibliotheken von einem beliebigen Näpfchen einer Mikrotiterplatte bündeln und normalisieren. Mit durchschnittlichen Transferzeiten von wenigen Sekunden pro Näpfchen können Echo Liquid Handler Pooling-Zeiten um über 80 % im Vergleich zu herkömmlichen Liquid Handlern verkürzen. Da Echo-Systeme für den Transfer von kleinsten Volumen bis zu 25 Nanolitern verwendet werden können, müssen Bibliotheken mit hohen Konzentrationen vor dem Transfer nicht verdünnt werden. Diese Fähigkeit sorgt für gleichzeitige Normalisierung während des Pooling. Da keine Probenverdünnung mit Pipettenspitzen erforderlich ist, werden außerdem Fehler aufgrund von Probenrückständen an den Spitzen eliminiert. Dadurch wird die Konzentrationsgenauigkeit aller zusammengeführten Bibliotheken entscheidend verbessert.
GESPONSERTER TECHNISCHER BEITRAG
2017
Labcyte, Inc.
Da die Sequenzierungskosten in den letzten zehn Jahren um ein Vielfaches gesunken sind, sind Wissenschaftler in der Lage, tiefgreifendere und komplexere Fragen über Transkriptomik zu stellen. Als Folge dessen sind die Varianten, Mengen und Anforderungen von RNA-Sequenzierungsexperimenten gestiegen. Der Clontech SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA-Kit umfasst die SMART-Technolgie (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template). Diese Technologie nutzt die Template-Switching-Aktivität von Reverse Transkriptasen, um PCR-Adapter direkt an die 5'- und 3'-Enden des ersten cDNA-Strang vor der Amplifikation mittels LD-PCR hinzuzufügen. Hier dokumentieren wir Informationen und Ergebnisse zur Miniaturisierung dieses Prozesses mit Hilfe des Echo 525 Liquid Handlers, wodurch die Reagenzienkosten und die Verarbeitungszeit für den Workflow effektiv gesenkt werden und die aktuellen Durchsatzanforderungen der RNA-Sequenzierung erfüllt werden.
TECHNISCHEN BEITRAG ANZEIGENVIDEO
Der IGENOMIX Carrier Genetic Test besteht aus einer kombinierten Analyse von 600 Mendelschen Erkrankungen mittels Next-Generation-Sequenzierungstechnologie (NGS). Das Ziel des CGT ist es, das Risiko von genetischen Erkrankungen eines Kindes vor der Zeugung vorherzusagen, indem bei Paaren mit Kinderwunsch der Trägerstatus beider Partner ermittelt wird. Der CGT kann vor dem Versuch, eine Schwangerschaft auf natürliche Weise oder durch assistierte Reproduktionsbehandlung zu erzielen, aber auch vor der Behandlung mit Spendersamen oder -eizellen angewendet werden.
FEATURED INFOGRAPHIC
Echo Liquid Handlers enable library preparation in low microliter volumes for a range of sequencing methods. Echo systems dramatically reduce reagent costs, save samples, and eliminate steps, all while improving library quality and throughput.
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