Automates de transferts de liquides Echo pour
Bibliothèques de séquençage à faibles volumes à partir de cellules uniques
Les systèmes Echo miniaturisent la préparation de bibliothèques pour l’analyse de génomes entiers et de transcriptomes à partir du matériel génétique de cellules uniques. Grâce à des transferts sans contact, précis et exacts, les systèmes Echo peuvent réduire l'amplification par déplacements multiples (MDA) et les réactions de séquençage d'ARN de 75 % ou plus. Les bibliothèques pour le séquençage de nouvelle génération (NGS) de l'ARN ou de l'ADN peuvent être réduites à 10 µL ou moins.
La génomique sur cellule unique est essentielle pour la compréhension des variations génétiques et épigénétiques qui se produisent tout au long de la vie d'un organisme. Par exemple, les programmes de recherche sur le cancer reposent sur la génomique par cellule unique pour surmonter les défis associés aux données provenant d'échantillons de tumeurs hétérogènes en étudiant les types cellulaires individuels au sein d'une population et d'événements cellulaires rares.
L’amplification de l'ADN à partir d'une cellule unique est par nature sensible à la contamination. L'ADN exogène provenant de cônes ou de buses utilisés pour le transfert d'échantillons ou de réactifs dans une réaction de PCR ne peut pas être éliminé, même avec des étapes d’irradiation UV avant le transfert. Le transfert sans contact des liquides, basé sur l'énergie acoustique de l'Echo, permet d’éviter tout contact avec un ADN, réduisant ainsi le risque de contamination de façon considérable. De plus, la précision et l’exactitude du transfert de nano-volumes éliminent la répétition des expériences, ce qui réduit davantage les coûts liés aux réactifs.
En associant la capacité de transfert acoustique de faibles volumes de l'automate de transferts de liquides Echo avec des kits de préparation de bibliothèques pour le séquençage de l'ADN ou de l'ARN, les chercheurs peuvent augmenter considérablement le nombre de bibliothèques générées avec chaque kit. En réduisant les volumes de transfert de 75 % ou plus et le pooling des bibliothèques pour le séquençage sans dilutions itératives, les systèmes Echo sont en mesure de miniaturiser et d’améliorer la qualité des bibliothèques préparées à partir de cellules isolées.
PUBLICATION PRÉSENTÉE
Dec-14
Amyris Inc., *TOTAL New Energies USA, Inc.
Ces dernières années, la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) a considérablement réduit le coût du séquençage de génomes entiers, alors que le coût de la vérification des séquences de plasmides par séquençage Sanger reste élevé. Par conséquent, les ingénieurs qualité à l'échelle industrielle limitent le nombre d'expériences ou prennent des raccourcis pour le contrôle qualité. Ici, nous montrons que plus de 4 000 plasmides peuvent être complètement séquencés au cours d’un seul cycle MiSeq Illumina pour moins de 3 $ chacun (recouvrement 15x), ce qui représente une réduction d’un facteur 20 par rapport au séquençage de Sanger (recouvrement 2x). Nous avons réduit le volume de la réaction fragmentation/marquage de Nextera (tagmentation) d’un facteur 100 et avons mis au point un flux de travail automatisé pour préparer des milliers d'échantillons pour le séquençage. Nous avons également mis au point un logiciel permettant d’effectuer le suivi des échantillons et des données de séquençage associées, et d'identifier rapidement les constructions correctement assemblées ayant le moins de défauts. Alors que la synthèse et l’assemblage d'ADN deviennent un service commun, ce contrôle qualité NGS (CQ) sera essentiel à des groupes travaillant en haut débit pour la construction d'ADN.
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