Automates de transferts de liquides Echo pour
Faible coût, préparation de bibliothèques hautement efficace
Les automates de transferts de liquides Echo permettent la préparation de bibliothèques dans des volumes de l'ordre du microlitre pour une gamme de méthodes de séquençage allant de la méthode Sanger, 16S et le séquençage de nouvelle génération (NGS) – afin de réduire considérablement les coûts en réactifs, économiser les échantillons et éliminer des étapes — tout en améliorant la qualité des bibliothèques et le débit.
Avec le séquençage Sanger, le coût des réactifs BigDye peut représenter un facteur limitant. Les volumes de séquençage peuvent être réduits de 10 µL à 2,5 µL à l'aide de l' Echo pour obtenir une réduction d’un facteur 4 du coût par réaction.
Le séquençage de l’ARNr 16S a longtemps été la méthode de choix pour les chercheurs travaillant sur le microbiome. L'utilisation de l' Echo permet la miniaturisation du séquençage des ARNr 16S et la réduction du coût des réactifs NGS permet également aux chercheurs de miniaturiser le séquençage Shotgun.
L’utilisation du manipulateur de liquides Echo pour la préparation de bibliothèques par séquençage NGS par rapport à des manipulateurs de liquides classiques permet une réduction allant jusqu’à un facteur 100 des volumes de réaction, réduisant considérablement les coûts des réactifs de l’étude.
| Pipetage manuel | Automates de transferts de liquides Echo | |
|---|---|---|
| Quantité d'ADN | 50 ng | 0.06 – 2.0 ng |
| Volume d’ADN (Rxn) | 25 µL | 200 nL |
| Volume de préparation de la bibliothèque (Rxn) | 25 µL | 300 nL |
| Volume total | 50 µL | 0.5 µL |
| Réactions par kit | 96 | 9600 |
| Coût par réaction | $72.91 | $0.73 |
À l’échelle des programmes de séquençage NGS, le coût de préparation de bibliothèques est un facteur limitant. Grâce à la capacité de transfert de faibles volumes par énergie acoustique de l' Echo, les chercheurs peuvent augmenter de manière significative le nombre de bibliothèques générées tout en maintenant les budgets actuels.
« En utilisant l'Echo 525, une diminution d’échelle d’un facteur 50 à 100 peut être réalisée avec des modifications mineures du protocole, conduisant à une réduction significative des coûts sans sacrifier la qualité des données. De plus, nous démontrons la supériorité des transferts de liquide sans contact dans les applications de biologie moléculaire en ce qui concerne la reproductibilité et la prévention de la contamination. »
Stephan Lorenz| Wellcome Trust Sanger Institute, UK
L' Echo peut rapidement pooler et normaliser des bibliothèques d’ADN ou d’oligonucléotides depuis n’importe quel puit d’une microplaque donnée. Avec des temps de transfert moyens par puit n’excédant pas les quelques secondes, les automates de transferts de liquides Echo peuvent réduire le temps de pooling de plus de 80 % par rapport à des automates de pipetage classiques. Puisque les systèmes Echo peuvent transférer des volumes aussi faibles que 25 nanolitres, les bibliothèques présentant des concentrations élevées ne doivent pas être diluées avant le transfert. Cette capacité se traduit par une normalisation simultanée lors du pooling. En outre, en évitant la dilution des échantillons prélevés par des cônes, la propagation des erreurs liées à la rétention d'échantillon par les cônes est éliminée. Cela améliore considérablement la précision des concentrations de toutes les bibliothèques poolées.
FNOTE TECHNIQUE PRÉSENTÉE
2017
Labcyte, Inc.
Comme le coût du séquençage a continué de baisser de façon importante au cours des dix dernières années, les chercheurs sont désormais capables de poser des questions plus profondes et complexes sur la transcriptomique. Désormais, la variété, la quantité et les demandes en séquençage d'ARN ont toutes augmenté. Le kit Clontech SMART-Seq v4 Ultra® Low Input RNA intègre la technologie SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template, mécanisme de transcription à l’extrémité 5’ de la matrice d’ADN). Cette technologie utilise l'activité de commutation de matrice des transcriptases inverses pour ajouter des adaptateurs de PCR directement aux extrémités 5’ et 3’ de l'ADNc du premier brin à l’aide de l'amplification par LD PCR. Ici, nous documentons l'information et les résultats relatifs à la miniaturisation de ce processus à l’aide de l'Echo 525 qui réduit de façon efficace le coût des réactifs et la durée du flux de travail, répondant aux besoins actuels relatifs au débit du séquençage de l'ADN.
VOIR LA NOTE TECHNIQUES’INSCRIRE POUR LA VIDÉO
Le test génétique de porteur IGENOMIX se compose d’une combinaison d’analyses de 600 maladies mendéliennes utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS). L'objectif du test génétique de porteur est de prédire le risque génétique d'avoir un enfant présentant une maladie génétique en dépistant si l'un ou l'autre des deux membres d'un couple désireux de concevoir est porteur. Un test génétique de porteur peut être demandé avant de tenter une grossesse par des moyens naturels ou par un traitement de reproduction assistée, mais aussi avant un traitement avec le sperme ou les ovules du donneur.
FEATURED INFOGRAPHIC
Echo Liquid Handlers enable library preparation in low microliter volumes for a range of sequencing methods. Echo systems dramatically reduce reagent costs, save samples, and eliminate steps, all while improving library quality and throughput.
VIEW INFOGRAPHIC* champs requis
FR
